☝ （らくさんきん） ぬか漬けに含まれる菌で、腸内を整える。 メインキャラクターを演じる二人に、シリーズへの思いや特別上映版の見どころ、健康に対する意識の変化なども語ってもらった。
（こうぼきん） ビタミンなどの栄養素を多く含んだ菌。
本作では血漿 血液の中の液体成分 が擬人化されていないため、本来その役割である栄養の運搬もしている。
🤔 人型の上半身に、らせん状になったウナギのような下半身をしている。 先輩赤血球「わたしもそっち行くから、途中まで一緒に行ってあげようか」 表皮に近づいたとき、先輩赤血球が新人赤血球に油断しないようにと注意する。 はたらく細胞の主人公としての赤血球 AE3803 で新人の血球がのを務めている（：）。
15異物・身体外の生物（BLACK） （りんきん） 声 - 第4話と第5話に登場。
によりの力が増す。
😭 極度の方向音痴でよく迷子になる新米のドジっ子運送屋だが、性格は純粋で一生懸命。 宿主の少女が納豆大食い大会に出場したことで、多くの納豆菌が腸にやってきた。
15『はたらく細菌』のキャラクター 本編とは異なり、細菌は人間に近い容姿で描かれている。
別個体が第7話の回想でも登場し、赤芽球を襲っている。
🤑 個別の種名は不明。 第8話で初登場。 第2話に登場。
13（セレウスきん） 声 - 非常に熱に強い性質を持つ土壌細菌。
小学校中学年以上対象。
☢ 赤血球 はたらく細胞 とは、の体内のをした・『』及び各作品に登場する血球のことである。 『はたらかない細胞』では、赤芽球の問題児の扱いに苦悩している個体が主要キャラクターとして登場する（を参照）。
14腸内では悪玉菌に分類される。 しかし、 過度な糖分は赤血球を糖化させ、焦げつかせてしまう。
作中で「赤血球」「赤血球ちゃん」と呼びかけられるときは、通常彼女を指す。
🤪 （じゅじょうさいぼう） 声 - 体内に侵入してきた細菌や、ウイルス感染細胞などの断片を抗原として提示し、他の免疫系の細胞に伝える役割を持つ免疫細胞。 再登場時には活性化後の姿となっており、登場するのも一体だけである。 役目を終えると、収穫した皮脂とともに自爆する。
17ダンディなバーテンダー風の男性として描かれている。
第19話に登場。
😉 元気だが並外れた方向音痴故にやたらと迷子になりやすく、ニコニコ動画では「血迷っている」とコメントが流れる始末。 突然、大きな音とともに地面がゆれ、おどろく新人赤血球。
5（エムさいぼう） 声 - 腸内の免疫器官であるの表面に存在する細胞。
好中球課所属の男性で、個人ナンバーは「U-1146番」。
☺ 腎臓は「沈黙の臓器」ということで、通常は喋らず黙々とはたらく。
17また、いわゆる「外の人」（細胞たちの職場となる体内の人間）の状況についてもある程度言及されている。
そして血栓が乾燥すると、かさぶたになるのである。